La infraestructura académica de la Facultad de Medicina USMP está compuesta en general por: 02 Pabellones destinados a la enseñanza académica con aulas equipadas y compuesto además por ambientes destinados al Centro de Simulación Clínico Quirúrgico orientados al entrenamiento médico práctico del alumnado, un auditorio principal para eventos , charlas y enseñanza, un aula de videoconferencia destinado para el dictado del Diplomado con la Universidad de Harvard. También se dispone de 01 Pabellón de Laboratorios donde se ubican centros de investigación bien implementados del Instituto de Investigación y los laboratorios de enseñanza académicas; 01 Pabellón Administrativo en donde se ubican las oficinas administrativas y académicas para gestionar los servicios administrativos, académicos, de bienestar y apoyo estudiantil, el Decanato, la Biblioteca de la facultad que dispone de salas de préstamo de libros, de salas de estudio, de una sala de Internet o “Laboratorio de Cómputo” y de un aula de informática; en el tercer piso de este pabellón se dispone de los ambientes de la Unidad de Posgrado, de un auditorio secundario y un Centro de Simulación para capacitaciones especializadas; además se dispone de 01 edificio para uso del Consultorio Médico (primer piso) y ambientes de Tutorías y Consultorías para orientación al alumnado ( segundo piso), 01 ambiente para cafetería de uso general, 01 loza deportiva para las actividades deportivas y recreativas programadas ,así como áreas de estacionamiento.

Externamente gracias a los convenios firmados se dispone de acceso a las instalaciones de las sedes hospitalarias para para prácticas clínicas.