El Programa Académico de Medicina Humana de la Universidad de San Martín de Porres, inició sus actividades al amparo de la Resolución Nº 483-83-R, de fecha 06 de Julio de 1983.

En 1986, por acuerdo de la Asamblea Universitaria, se expide la Resolución Rectoral Nº 462-86, mediante la cual se integra como Escuela de Medicina Humana a la Facultad de Medicina y Odontología; pero el 29 de diciembre de 1988, la Asamblea Universitaria acordó separar Medicina de Odontología, dándose la Resolución Rectoral Nº 052-89, que crea la Facultad de Medicina Humana.

La construcción de la nueva Facultad de Medicina Humana se inición en 1994, siendo decano el Dr. Frank Lizaraso Caparó ubicada en Alameda el Corregidor, cuadra 15, La Molina. Las clases en este moderno local se iniciaron en enero de 1997, y desde entonces se ha convertido en la facultad de medicina más moderna e importante del Perú, habiendo sido los primeros en obtener la tan ansiada Acreditación de Facultades de Medicina. Hoy en día se hacen importantes los logros obtenidos en nuestro Instituto de Investigación en sus diferentes ramas (Genética, Medicina Tradicional Andina, Bioquímica, Microbiología, Farmacología, etc.)

En el 2005, a propuesta de nuestras autoridades universitarias, el CONAFU autoriza el funcionamiento de las filiales de la Facultad de Medicina en las ciudades de Chiclayo, Huancayo y Arequipa, de las cuales sólo se encuentra en funcionamiento, y con gran suceso, la de Chiclayo.